ესტონური საგანმანათლებლო სისტემის წარმატებისა და ძლიერი სკოლის ერთ-ერთ საყრდენს საგანმანათლებლო ლიდერობაც წარმოადგენს. როგორც უკვე აღვნიშნეთ, ესტონეთში ორი უმაღლესი საგანმანათლებლო დაწესებულებაა, რომლებიც მასწავლებელთა და სკოლის დირექტორთა მომზადება-გადამზადების საკითხებზე მუშაობს. უნივერსიტეტები მჭიდროდ არიან დაკავშირებული სკოლებთან – იღებენ რა მათგან მუდმივ უკუკავშირს საჭიროებების შესახებ და ახორციელებენ სხვადასხვა მხარდამჭერ პროგრამას – საკუთარი თუ სახელმწიფოს ინიციატივით.